La Fondazione CISOM non persegue fini di lucro. È amministrata da un Consiglio Direttivo i cui membri sono nominati dal Sovrano Consiglio del Sovrano Militare Ordine di Malta. Gli uffici di Presidenza, Direzione Nazionale e Segreteria Centrale hanno sede nella Casa dei Cavalieri di Rodi in Piazza del Grillo, 1 a Roma.

L’organizzazione territoriale prevede la suddivisione del territorio nazionale in Raggruppamenti, dai quali dipendono a livello locale i Gruppi. Ogni Gruppo può essere organizzato al suo interno in Sezioni intese sia come specialità (per esempio sezione cinofili, sezione fluviale), sia come distaccamenti sul territorio.